1.有利于提高通關速度
大大加快了進出口貨物的通關速度，提高了海關工作效率。以空運快遞貨物為例，實現了飛機在境外起飛后立即將空運單數據通過國際網絡傳送到我國海關，班機未著地前快遞公司已收到海關的貨物放行通知。除少數晚上到達的班機外，一般都能做到當天放行。這是原來的手工申報方式無法比擬的，從而徹底解決了快遞貨物放行速度問題。
2.有利于海關集中力量加強對貨物的實際監管
EDI與電子商務提高了海關處理業務的自動化程度，大量海關人員得以擺脫繁重的書面單證的審核工作，從而可以將更多的力量集中到對進出口貨物的實際查驗工作中去，使海關的貨物監管工作得到真正的加強，海關的人力資源得到了合理配置。
3.有利于提高海關管理的整體水平
海關EDI與電子商務系統是在海關規范化管理和海關業務專家的管理經驗基礎之上開發的。系統一旦在全國推廣使用，就會將規范化的管理和業務專家的管理經驗普及到每個口岸海關，從而使全國海關的執法尺度整齊劃一，并使全國海關的管理水平整體提升到海關業務專家的水平。對于一票貨物而言，無論它在哪個口岸進出口，都將按同樣的監管方式得到處理，并受到同樣水準的海關服務。
4.有利于海關廉政建設
EDI與電子商務使企業能在自己的辦公室內完成貨物的進出口手續，海關對貨物的處理意見又都是通過計算機系統進行傳遞的，因而是減少了海關關員與企業的直接接觸，大多數貨物做到了“通關不見面”，這有利于海關的廉政建設。
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